piątek, 24 kwietnia 2009, 03:03

mamy krowę

Sześć lat zajęło sekwencjonowanie krowy i w dzisiejszym Science jest dużo o tym. Można sobie ściągnąć podcast "Barnyard Special" (mp3, 18M, 40min) i posłuchać w drodze do pracy. Wszystkie porządne gazety zauważą zsekwencjonowanie krowy, więc ja nie muszę, ale zbulwersował mnie następujący kawałek z BBC News Cow genome 'to transform farming':
"We found that cows are much more similar to us than rodents are," said Professor Gibbs. "This is because rodents are evolving much faster." (Odkryliśmy, że krowy są dużo bardziej podobne do nas niż gryzonie - mówi profesor Gibbs - a jest tak dlatego, że gryzonie ewoluują dużo szybciej).

Problem w tym, że szczury to jednak nasi bliżsi krewni niż krowy. Krewnych się nie wybiera, więc wypierać się ich też nie wypada. Mamy wspólnego przodka z krowami, ale wspólnego przodka ze szczurami mieliśmy jeszcze później. Dlatego razem z gryzoniami i zającami jesteśmy w grupie Euarchontoglires, a krowy wraz z psami (i prawie całą resztą zoo) są Laurasiatheria.

Gibbs niewątpliwie o tym wie i właśnie dlatego podnieca się naszym podobieństwem do krowy (a raczej podobieństwem naszego genomu do krowiego). Pewnie nawet wszystko wyjaśnił, ale dziennikarze wiedzą lepiej co jest ważne, a co można pominąć. Dlatego czasem warto posłuchać długiego nudnego podcasta, gdzie taki naukowiec sobie gada, a dziennikarz mu niczego nie wycina.
DODANE: W Rzepie: DNA prawdę powie o krowie ("Rozszyfrowano genom krowy. Dzięki temu nasze steki dorównają argentyńskim"; "Genetyka może wspomóc sztukę dojenia")
W Wyborczej lepiej: Krowa literka po literce.
Mooove Over Humans, the Cow Genome is Here - tu jest wyjaśnione właśnie tak, jak bym sobie życzył: Although humans share a more recent common ancestor with rodents than they do with cows, it turns out that our genome more closely resembles those of cows and dogs. This is probably because mice and rats evolve so quickly thanks to rapid reproduction, much quicker than other species, says one of the team leaders, Kim Worley, a genomicist from Baylor College of Medicine in Houston, Texas, where the sequencing was done.

17 komentarzy:

MEP pisze...

A propos wspolnoty z gryzoniami, link do mojego ostatnio ulubionego komiksiarza? rysownika komiksow? historyka obrazkowego? PTILUCA
http://www.cedimho.be/eurobd/ptiluc/facesderat.html
;)

kwik pisze...

hi, hi, zdaje się nie tylko Pani Ptiluca lubi, gdy wpisywałem go do Googla podpowiadacz usłużnie podsunął: "ptiluc torrent".

pytania pisze...

Muszę przyznać, że moje podniecenie utrzymuje się w rozsądnych granicach. Kiedyś z ilościowego przyrostu wiedzy jakby więcej wynikało emocjonalnie. Ale może to jakiś osobisty deficyt?

pozdrawiam
T.

kwik pisze...

Jeśli wiedzy jest coraz więcej, to każda kolejna porcja jej przyrostu znaczy coraz mniej. Ale krowa jest dość ciekawa. Nie tylko dlatego, że nie wyobrażam sobie życia bez serów, że krowa to wszystko, co zostało po turze i że krowy rzadko chorują na nowotwory, a psy i ludzie często. Chyba nie da się zrozumieć dlaczego człowiek jest człowiekiem bez zrozumienia dlaczego krowa jest krową.

pytania pisze...

Kwiku, przepraszam z góry za prowokacyjną naiwność lub ewentualny idiotyzm ale zdolność udzielenia sensownej odpowiedzi na pytanie "dlaczego człowiek jest człowiekiem" nie wydaje mi się leżeć w obszarze naszych (tzn. ludzkich) możliwości.
Chyba że nie miałeś na myśli aspektu aksjologicznego.
T.

kwik pisze...

Telemachu, rzecz jasna chodziło mi o aspekt biologiczny, który też jest ważny. Przydałby się pewno osobny wyraz na człowieka w takim właśnie znaczeniu, bo człowiek (Homo) nie jest łatwe w użyciu.

telemach pisze...

Eeech biologia. Pamiętam jak stałem niegdyś, przed laty, przy pierwszym sequencerze w naszym laboratorium i zastanawiałem się co z tego wyniknie gdy ludzki genom zostanie odcyfrowany i udokumentowany. Został. Bezpośrednich skutków na razie nie odczuliśmy. Okazało się, że z faktu posiadania większej ilości informacji niekoniecznie wynika automatyczny wzrost wiedzy. Mamy na pewno więcej i lepiej sformułowanych pytań - a to już jest coś. Ale ogólnie dotychczasowy bilans odbiega od niegdysiejszych oczekiwań. Obawiam się.

kwik pisze...

Postępem związanym z komputerami straszono chyba już w latach piećdziesiątych, ale naprawdę zmieniły nasze życie dopiero wtedy, gdy każdy miał swój komputer na biurku.

Być może bezpośrednie skutki odczujemy wtedy, gdy będzie można się zsekwencjonować bez wychodzenia z domu, a jeszcze łatwiej będzie można sobie zdiagnozować świńską grypę i tysiąc innych chorób.

telemach pisze...

Chyba że tak. Ja bym sobie pewnie też zdiagnozował coś sam od czasu do czasu. Chociaż po namyśle to wolałbym nie musieć.

telemach pisze...

Przemyślałem sprawę. Jaki cudowny temat na opowiadanie SF. Bo zważ:
1. gadget musiałby posiadać połączone moce sprzętu PCR, sequencera i peceta połączonego z bazą danych zawierającą WSZYSTKIE sekwencje, wszystkich żywych stworzeń. A co z mutacjami?
2. Użytkownik musiałby w wykwalifikowany sposób umieć sprecyzować ciąg zadań i poleceń. (Inaczej mógłby dowiedzieć się że jest chory na własną żonę (którą przed godziną całował albo że dolega mu jego kot lub chomik)
3. System - nawet gdyby był w stanie odróżniać pomiędzy DNA ustrojów patogennych i saprofitycznych, "wywróciłby się" na takich, które raz są a raz nie są patogenne (większość niewinnych szczepów E.coli w określonych warunkach może też spowodować dolegliwości choć to genetycznie te same drobnoustroje. System zatem musiałby umieć analizować te warunki i wyciągać odpowiednie wnioski.
3. Biorąc pod uwagę ilość informacji zawartej w kodzie WSZYSTKICH stworzeń - system ten potrzebowałby czas liczenia przekraczający wszystkie dostępne obecnie zasoby. I dostarczyłby w końcu nie jednoznaczną odpowiedć, lecz zbiór możliwych wariantów - podobnie jak google gdy wpiszesz w okienko słowo piwo albo sex. Podobny problem mamy - choć w dużo mniejszej skali - z softwarem do tłumaczeń. Nikt nie wierzy (mimo kolosalnego postępu) że oprogramowanie będzie kiedykolwiek w stanie dokonać literackiego tłumaczenia dajmy na to "Wojny i Pokoju" z rosyjskiego na angielski. Różnorodnoiść syntaktyczna języków, w połączeniu z niejednoznacznością i niedefiniowalnością struktur językowych czyni to zamierzenie niemożliwym. A mamy tu do czynienia z dwoma stosunkowo małymi zbiorami słów a nie kwadryliardami możliwych kombinacji nukleotydów. Problem polega na tym, że ilość możliwych (znanych i jeszcze nieznanych) znaczeń w połączeniu z dynamicznym charakterem wciąż zmieniającego się języka czyni sprawę "mission impossible".

Ciemno widzę sprawę tego zdiagnozowania sobie jakiejś choroby.

kwik pisze...

Ja nie przemyślałem, ale jednak prościej byłoby wysyłać próbki do analizy czymś w rodzaju poczty pneumatycznej. Zresztą analiza nie musi być wyczerpująca, wystarczy zwykła rutynowa kontrola przed wyjściem do pracy. Ale wtedy system byłby przeciążony rano, a niewykorzystany w ciągu dnia. Same problemy.

Przy tłumaczeniu maszynowym kłopoty wynikają z niejednoznaczności. Literatury maszyna nigdy dobrze nie przełoży, ale być może powstaną kiedyś wykastrowane podjęzyki specjalnie do tłumaczenia maszynowego, w 100% przekładalne. Oczywiście kosztem bogactwa i różnych innych niuansów. Ale do tłumaczenia instrukcji obsługi powinny wystarczyć.

nameste pisze...

kwik, nigdy nie mów nigdy.

kwik pisze...

Nameste - a co mi szkodzi? Gdy już maszyna coś dobrze przełoży, to będzie znaczyć, że nie była to literatura. Albo - że maszyna już nie jest maszyną.

nameste pisze...

kwik, aha, nie przywiązujesz zbytniej wagi do własnych wypowiedzi; to w sumie zdrowe.

kwik pisze...

Chyba zdrowe, choć wszystko zależy od interpretacji "zbytniej".

andsol pisze...

A w S24 (gdzie Ciebie nie ma ale jesteś) ten sam wpis, ale zupełnie inni komentatorzy, więc i inne komentarze... świat krów jest bardzo dziwny.

kwik pisze...

Wpis na S24 nie jest ten sam, różni się brakiem słowa "dzisiejszym".
Nie umiałem się oprzeć pokusie, S24 paskudny jak zawsze, ale zaczął znowu bezbłędnie działać.